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在污水處理活性污泥法中起主要作用的是活性污泥，污水處理活性污泥是由具有活性的微生物、微生物自身氧化的殘留物、吸附在污水處理活性污泥上不能為生物所降解的有機物和無機物組成，其中微生物是污水處理活性污泥的主要組成部分。

活性污泥微生物又是由細菌、真菌、原生動物、后生動物等多種微生物群體相結合所組成的一個生態系。

細菌是活性污泥在組成和凈化功能上的中心，是微生物的最主要成分，污水中有機物的性質決定那些種屬的細菌占優勢，含蛋白質的污水有利于產堿桿菌屬和芽孢桿菌屬，而醣類污水或烴類污水則有利于假單孢菌屬。在一定的能量水平（即細菌的活動能力）下，大部分細菌構成了污水處理活性污泥的絮凝體，并形成菌膠團，具有良好的自身凝聚和沉淀性能。

在污水處理活性污泥法處理過程中，凈化污水的和主要承擔者是細菌，其次出現原生動物，是細菌的首次捕食者，繼之出現后生動物，是細菌的第二次捕食者。